Amacı maddi gerçeğin ortaya çıkartılması olan ceza yargılamasının en önemli ilkelerinden birisi ’’kuşkudan sanık yararlanır’ (İn dubio pro rea) ilkesidir. Bu ilkenin özü ceza davasında sanığın cezalandırılması bakımından taşıdığı önemden dolayı göz önünden tutulması gereken herhangi bir konudaki kuşkunun sanığın yararına değerlendirilmesidir.
Her hukuk devletinde kabul edilen ve masumluk karinesi ile sıkı bir ilgisi bulunan şüpheden sanık yararlanır ilkesine göre yapılan ceza muhakemesinin sonunda fiilin sanık tarafından işlendiği % 100 anlamda kesinliğe ulaşmadığı takdirde beraat kararı verilecektir.( AY 38/4, İHAS 6/2) böyle bir ilkenin kabul edilmesinin sebebi bir suçlunun cezasız kalmasının bir masumun mahkum olmasına tercih edilmesidir. Başka bir ifade ile masumiyet karinesidir. (CMK Adalet Komisyonu Raporu). Bir kimsenin bir suçtan dolayı mahkum edilebilmesi için o kimsenin suçu işlediğinin hiçbir şüpheye yer bırakmayacak şekilde kesin olması gerekir. Bu anlamda sanığın suçu bile işlemediği veya bir cezasızlık sebebi bulunduğu yönünde küçük bir şüphe bile sanığın beraat etmesini gerektirecektir. Ceza davasında sanık suçsuzluğunu Savcıda sanığın suçlu olduğunu ispatlamak yükü altında değildir. Mahkeme resen yapacağı araştırma sonunda, yargılamaya getirilen ve tartışılan delillerin değerlendirilmesi ile sanığın suçluluğu veya suçsuzluğu konusunda bir hükme varacak, maddi gerçeğin ortaya çıkarılmasını sağlayacaktır. Eğer mahkeme, eylemi sanığın gerçekleştirip gerçekleştirmediği konusunda vicdani bir kanaate varamıyor ise veya bu hususta bir şüphe varsa ve bu şüphe yenilemiyorsa ve eylemi sanığın gerçekleştirmiş bulunduğu delillere dayanarak vicdanı kanaatli ile söyleyemiyor ise sanığın o fiili gerçekleştirmediği kabul edilecektir.
Ceza Usulü Yasası’nda vicdani delil sistemi kabul edilmiştir. Fiilin sanık tarafından işlendiğine kanaat getirmeyen mahkeme sanığın beraatına karar verecektir.Öte yandan ‘’Bu fiili sanık işlemiştir, başkasının işlemesi için bir neden yoktur, aralarında geçmişte husumet vardır,’’ düşünceleriyle de mahkumiyet hükmü kurulamaz, mahkumiyet hükmünün kesin delillere dayanması gerekmektedir.Bir iddianın kabulü,kendi içinde tutarlı kanıtlarla doğrulanması halinde mümkündür.
Ceza Genel Kurulu’nun 19/04/1993 gün ve 81/110 sayılı kararında; ‘’ Ceza yargılamasının amacı, hiçbir duraksamaya yer vermeden, maddi gerçeği ortaya çıkartılmasıdır.Sanığın savunmasının aksini kanıtlaması ondan beklenemez, sanığa yüklenen suçun sübuta erdiği yapılan yargılama sonunda kuşkuya yer vermeksizin ortaya çıkarılmasıdır.’’ Denilmiştir. Yine Ceza Genel Kurulu’nun 10/12/1990 gün ve 257/335 sayılı kararında; ‘’ Kanıtları serbestçe değerlendirilen yargıç kuşkulu bir durumda karşılaştığında, kuşkuyu sanık lehine yorumlayacak, kuşkudan sanık yararlanacaktır. (İn Dubio Pro Rea). Kuralı, yasada yer almamakta ise de, yargı ve ögreti bu kuralı kabul etmiştir. Öte yandan, Anayasa’da ‘’Suçluluğu hükmen sabit oluncaya kadar, kimse suçlu sayılamaz’’ denmekle aynı sonuca ulaşılmıştır. Aynı hüküm, İnsan Hakları Avrupa Sözleşmesinin 6/2. Maddesinde yer almıştır .’’ denilmiştir.
Dosya dışı tanık beyanlarında asker kişilerin sabit hatlarından aranmak sureti ile örğütsel toplantılara çağrıldığı yönünde bilgiler elde edilmiştir. Sanık farklı tarihlerde 3 kez ardışık şekilde diğer asker şahıslarla birlikte aranmasına karşın; bu görüşmelerde ne konuşulduğu, sanığın örgütsel toplantıya çağrılıp çağrılmadığı, eğer çağrıldı ise sanığın bu toplantıya katılıp katılmadığı, eğer sanık toplantıya katıldı ise toplantının örgütsel nitelikte olup olmadığı ve toplantıda neler konuşulduğu tespit edilememiştir. Sanığın terör örgütünün hiyerarşik yapısı içerisinde faaliyet yürüttüğüne herhangi bir bulgu elde edilememiş, sanık bylock gibi herhangi bir örgütsel nitelikte olan ve kendi iradesi ile kullanabileceği bir iletişim uygulamasını kullanmamış, terör örgütü ile iltisakı ve irtibatı tespit edilen herhangi bir dernek, vakıf, iş yeri ile bağı tespit edilememiştir. Sanık bankasyada terör örütü elebaşının çağrısına rağmen herhanği bir hesap açtırmamış yahut çağrı üzerine para yatırmamıştır.
Yapılan yargılama sonunda sanık hakkında her türlü şüphe ve tereddütten uzak, cezalandırmaya yeterli kesin ve inandırıcı delil elde edilememişse 5271 Sayılı CMK’nın 223/2-e maddesi gereğince sanığın beraatine karar vermek gerekir.